非課税の通勤手当などはどのように入力したらいいのでしょうか？

「ニコラ年末調整」の
「社員情報入力」-「給与・賞与」の画面の
「総支給金額」の欄には、
「実際の総支給金額」から「非課税分（通勤手当など）」を
差し引いた金額を入力してください。